یکی از وظایف مرکز مدیریت بدهیهای عمومی و روابط مالی دولت، علاوه بر احصاء ارقام بدهیها و مطالبات دستگاههای اجرایی، ثبت و شناسایی اقلامی است که متعلق به دستگاه اجرایی خاصی نبوده و مربوط به دولت به معنای حاکمیت است (دولت فرادستگاهی) و باید در گزارشهای مجموعه بخش عمومی و دولت لحاظ گردد. در این راستا مرکز (اداره حسابداری کل و روابط مالی دولت) از طریق راهاندازی و استقرار یک سیستم حسابداری، اقدام به ثبت و صدور اسناد حسابداری رویدادهای مالی مربوط به دولت جمهوری اسلامی ایران (دولت فرادستگاهی-به عنوان یک شخصیت مستقل از دستگاههای اجرایی موضوع ماده (5) قانون مدیریت خدمات کشوری) نموده است. علاوه وظیفه مذکور، انجام وظایف مرتبط با تسویه حساب دولت (خزانه داری کل کشور) و شرکت های تابعه ذیربط وزارت نفت و نیز اجرای تعدادی از احکام قانون برنامه هفتم در اداره حسابداری کل و روابط مالی دولت انجام می شوند. در ادامه، وظایف و عملکرد اداره مذکور تشرح می شود:
۱-ثبت و شناسایی رویدادهای مالی دولت جمهوری اسلامی ایران (دولت فرادستگاهی) در سامانه حسابداری مرکز و انجام سایر موارد مربوط در این حوزه:
۱-۱- ثبت بدهی ها و مطالبات دولت جمهوری اسلامی ایران (فرادستگاهی) و تغییرات آن ها (تسویه/ایجاد بدهی) در سامانه حسابداری مرکز و ثبت مانده مبالغ مذکور در سامانه مدیریت بدهی ها و اوراق بازار پول و سرمایه (سماد نو) به نیابت از دولت جمهوری اسلامی ایران.
۱-۲- تهیه گزارشات مالی بدهی ها و مطالبات دولت جمهوری اسلامی ایران (فرادستگاهی) به منظور استفاده در تهیه صورتهای مالی تلفیقی در سطح بخش عمومی کشور.
۱-۳- ثبت اسناد تسویه خزانه صادره توسط خزانه داری کل کشور و نیز بدهی ناشی از اوراق مالی اسلامی منتشر شده
۱-۴- ثبت سرمایه دولت جمهوری اسلامی ایران در شرکتهای دولتی بر اساس صورتهای مالی حسابرسی شده (دریافتی از سازمان حسابرسی) .
۱-۵- رصد، پایش و اعمال حساب (حسب مورد) بدهیهای احتمالی دولت جمهوری اسلامی ایران (فرادستگاهی).
۱-۶- مکاتبه با اشخاص طرف حساب دولت جمهوری اسلامی ایران در قالب ارسال خلاصه حساب فیمابین به آنها و پاسخگویی به آنها در اجرای تبصره (۲) ماده (۱) آیین نامه اجرایی ماده (۱) قانون رفع موانع تولید رقابت پذیر و ارتقای نظام مالی کشور در مقاطع مقرر.
۱-۷- ثبت و تایید درخواست های اشخاص طلبکار از دولت فرادستگاهی به عنوان دستگاه اجرایی بدهکار به نیابت از دولت جمهوری اسلامی ایران جهت استفاده از ظرفیت های اوراق مالی اسلامی ،اسناد تسویه خزانه و.. در زیر سامانه های اوراق و تسویه و تهاتر سامانه سماد نو.
۲-انجام وظایف قانونی خزانهداری کل کشور در حوزه امور مربوط به تسویه حساب فیمابین دولت و شرکتهای تابعه ذیربط وزارت نفت
رابطه مالی و نحوه تسویه حساب بین دولت (خزانهداری کل کشور) و وزارت نفت از طریق شرکت دولتی تابعه ذیربط و اعمال حق مالکیت دولت بر منابع نفت و گاز کشور، بر اساس مقررات مندرج در بندهای مربوط قوانین بودجه سالهای ۱۳۸۸ تا ۱۳۹۳ کل کشور و همچنین برای سال ۱۳۹۴ به بعد به استناد ماده (۱) قانون الحاق برخی مواد به قانون تنظیم بخشی از مقررات مالی دولت (۲) و آییننامه اجرایی آن و نیز ماده (۱۵) قانون برنامه پنجساله هفتم پیشرفت و آییننامه اجرایی آن و سایر قوانین ذیربط تنظیم شده است. بر این اساس، خزانهداری کل کشور (مرکز مدیریت بدهیهای عمومی و روابط مالی دولت اداره حسابداری کل و روابط مالی دولت) به نمایندگی از وزارت امور اقتصادی و دارایی و بر اساس وظایف ذیربط در قوانین یاد شده، اقدامات مقتضی را معمول مینماید
۳- انجام تکالیف محوله بر اساس مفاد احکام ذیربط قانون برنامه پنجساله هفتم پیشرفت جمهوری اسلامی ایران
۳-۱- محاسبه نسبت بدهی به GDP در مقاطع ماهانه، در اجرای فراز پایانی ماده (۱۲) قانون برنامه پنجساله هفتم پیشرفت جمهوری اسلامی ایران و در انطباق با ماده (۳) آییننامه اجرایی بند (ب) ماده (۱۰)، ماده (۱۲) ، بندهای (الف)، (ب)، (پ) و (ت) ماده (۲۴) و بند (الف) ماده (۲۸) قانون بـرنـامـه پنجساله هـفتـم پیشرفت جمهوری اسلامی ایران (موضوع تصویبنامه شماره ۱۱۵۶۳۶/ت۶۲۹۴۸هـ مورخ ۲/۸/۱۴۰۳ هیات محترم وزیران).
۳-۲- شناسایی وجوه پرداختی و کمک های دولت به صندوق های بازنشستگی، مازاد بر سهم کارفرمایی و سهم دولت به عنوان تادیه بدهی دولت و همچنین منظور نمودن هر گونه کمک دولت در قالب بودجه سنواتی مازاد بر بدهی ها به عنوان مطالبه دولت (حسب مورد) و اعمال حساب آن در سامانه حسابداری مرکز به استناد مفاد بند (الف) ماده ۲۸ قانون برنامه.